Il gioco inizia nel 2012 dove un giovane barista Desmond Miles, discendente di una famiglia di assassini e lontano parente di Altair e Ezio Auditore viene rapito da sconosciuti e portato nelle Industrie Abstergo. All'interno di queste strutture c'è una complessa macchina chiamata Animous, la quale può risalire ai ricordi degli antenati contenutu nel DNA della persona che la usa. Per questo Desmond è stato rapito, per risalire ad un oggetto entrato in possesso di Altair (suo antenato), il Frutto dell'Eden. Lo scopo dei rapitori è creare un mondo perfetto con il pieno controllo della mente umana usando i poteri del Frutto. Per ritrovarlo iniziano così a cercare nella memoria di Desmond, o meglio, quella di Altair.
Si fa un salto così di quasi 900 anni indietro e si torna all'epoca in cui Altair era in vita, un assassino che aveva perso il suo onore ed era stato degradato. Sarà così che Altair inizierà il suo viaggio per riacquistare l'onore e riportare la pace nella sua terra.